Filtres d´intérieur : Ils se présentent sous la forme d´un appareil cylindrique accroché par des ventouses dans un angle intérieur du bac et relié à une prise électrique. Ces filtres sont couramment utilisés dans des bacs de petite à moyenne capacité (inférieure à 150 l). Une pompe fait passer le courant d´eau à travers une mousse synthétique, chargée de retenir les impuretés de l´eau (déchets, excédents de nourriture, plantes en dégradation...). Le courant ressort en surface.
Il est possible de régler le débit de tels filtres en réglant le courant de sortie ou d´entrée (généralement une petite grille qui se déplace, ou une vis à tourner). Ces filtres sont plutôt silencieux, économiques et faciles d´entretien, mais ils ne permettent de recevoir que des mousses. Ils n'effectuent donc que la filtration mécanique, voire un peu de filtration biologique si la mousse offre une grande surface de contact et si le débit à l´intérieur du filtre reste modéré. Toutefois, quelques marques commencent à sortir des filtres d´intérieur à compartiments, pouvant recevoir des matières filtrantes de différentes natures.

Bac à décantation : Ils sont actuellement livrés en standard avec des aquariums de capacité moyenne. Ces filtres utilisent les mêmes principes de fonctionnement que les filtres d´intérieur, mais peuvent avoir plusieurs couches filtrantes (mousses, pierres, perlon, ...). Le bac à décantation occupe un côté du bac. Une pompe aspire l´eau à la base du système et la fait remonter en surface en la faisant passer à travers plusieurs couches de matières filtrantes. Ce système permet de faire une filtration plus complète qu´un filtre d´intérieur classique. Attention: bien couvrir ce filtre pour éviter que les tortues (surtout les jeunes) finissent piégées ou broyées par l´hélice du moteur.

Filtre d´extérieur : Ils permettent de bien contrôler la filtration, en ayant un ensemble de compartiments pour chaque nature de masse filtrante. L'eau est aspirée hors de l'aquarium, amenée vers le filtre posé sous l'aquarium (à moins d'1m50), puis renvoyée vers celui-ci. Ces filtres très silencieux sont faciles d´entretien : il suffit de couper les robinets d´entrée de l´eau et de porter le filtre vers un évier. Ils sont généralement plus chers que les filtres d´intérieur, mais certains peuvent intégrer un système de chauffage de l´eau et un système semi humide favorisant le développement des bactéries.